對膜件的清洗一般分為物理清洗和化學清洗兩種，而化學清洗的頻次越高，對膜件的損傷越大，嚴重影響了膜系統的使用壽命。所以，相關技術人員很難掌握好膜系統的化學清洗。膜清洗頻率與預處理措施的完善程度是緊密相關的。預處理越完善，清洗間隔越長；反之，預處理越簡單，清洗頻率越高。一般膜清洗是遵循（10%法則）——當校正過的淡水流量與*初200h運行（壓緊發生之后）的流量之比，降低了10%和（或）觀察到壓差上升了10%~20%就需進行清洗。盡可能在脫鹽率下降顯示出來以前采取措施。正規安排的保護性維護清洗不足以保護反滲透系統。譬如，由于預處理設備運行不正常，進水條件在短時間內就會發生變化。反沖洗對于防止大顆粒對某些形式
反滲透膜模件的堵塞是有效的。但不是所有的污染都可通過簡單的反沖洗就能清除除掉，還需要有周期的化學清洗?；瘜W清洗除需增加藥劑和人工費用外，還有個污染問題，所以也不可過頻繁，每月不應超過1~2次，每次清洗時間約1~2h。
化學清洗系統通常包括一臺化學混合箱和與之相配的泵、混合器、加熱器等?；瘜W清洗常是根據運行經驗來決定（可以根據每列設備壓降讀數與運行時間的關系曲線，或是依據產水量、淡水水質和膜的壓降等）?；瘜W清洗所用的藥劑和方法，需根據污染源來決定。下表可供參考，但更應重視和應用本單位的經驗。為了保證效果，在化學清洗前要進行沖洗。沖洗前先降壓，再用2~3倍正常流速的進水沖洗膜，靠流體的攪動作用將污物從膜面從膜面剝離并沖走。然后針對污染特征，選擇清洗液對膜進行化學清洗。為了保護
反滲透模件，液溫*好不超過35℃。系統若停用5天以上，*好用甲醛沖洗后再投用。如果系統停用二周或更長一些時間，需用0.25%甲醛浸泡，以防微生物在膜中生長?；瘜W藥劑*好每周更換一次。 針對各種污染物采用的清洗劑詳見下表，由于各地水質不同，僅供參考。