電滲析過程中產生的濃差極化和淡水的PH發生變化，常稱為中性擾亂，電滲析過程中乘勝的濃差極化會產生很多不利因素和危害電阻增大，電流下降，除鹽率下降；濃水和淡水的PH發生變化，稱為中性擾亂；電流效率下降；膜表面上發現沉淀或結垢，這主要在陰膜的濃水室一側。
水中離子在膜中的遷移速度大于在水溶液中的遷移速度，而且淡室膜面上離子的濃度，也總是低于溶液中的溶度。管道過濾器如果電流密度越高，濃度差也越大，當電流密度上升到某一樹脂時，膜面上的離子濃度會低于到零。如果電流密度越高，濃度差也越大，當電流密度上升到某一數值時，膜面上的離子濃度會低于零，這時發生膜面上大量的電解現象，稱為極化現象。全自動管道過濾器防止和消除極化沉淀，極限電流法，要嚴格控制電滲析器的工作電流，始終低于產生極化的極限電流從而避免極化產生。由于極化，淡水室的OH富集在陰膜濃水一側，因此這代謝層內產生沉淀或污垢。自清洗管道過濾器電滲析過程中產生的會低到零，這時發生膜面上的大量水的電解現象，稱為極化現象。
離子的濃差擴散，由于濃縮室和淡化室中的溶液中存在著濃度差，總會有少量的離子由濃縮室向淡化室擴散遷移，從而降低了滲析效率;同名離子的遷移，離子交換膜的選擇透過性往往不可能是*的，因此總會有少量的相反離子透過交換膜;
極化發生后在陽膜淡室的一側富集著過量的氫氧根離子，陽膜濃室的一側富集著過量的氫離子;而在陰膜淡室的一側富集著過量的氫離子，陰膜濃室的一側富集著過量的氫氧根離子。由于濃室中離子濃度高，則在濃室陰膜的一側發生碳酸鈣等沉淀，從而增加膜電阻，加大電能消耗，減小膜的有效面積，降低出水水質，影響正常運行。電滲析設備工作時，單位膜面積上通過的電流稱為電流密度。運行時，當電流密度達到一定值時，界面層離子的遷移速度遠低于膜內離子遷移速度，迫使膜界面處水分子發生電離，依靠氫離子和氫氧根離子來傳遞電流，這種膜界面現象稱為濃差極化，此時的電流密度稱為極限電流密度。極化包括濃差極化和電極極化。